Table 3 Number of retrieved sequences for each specie, genome species or type of virus; in Rickettsia spp., symbionts and endosymbionts were not included
Disease | Agent | Number of retrieved sequences |
|---|---|---|
Rickettsiosis | R. prowazekii | 12 |
R. rickettsii | 15 | |
R. typhi | 4 | |
Israeli tick typhus rickettsia | 3 | |
R. felis | 3 | |
R. conorii | 5 | |
R. parkeri | 5 | |
R. rhipicephali | 3 | |
R. akari | 2 | |
R. honei | 2 | |
R. canadensis | 4 | |
R. bellii | 11 | |
R. massiliae | 5 | |
Candidatus R. amblyommii | 6 | |
R. montanensis | 1 | |
R. slovaca | 5 | |
R. peacockii | 2 | |
R. monacensis | 1 | |
R. tamurae | 1 | |
R. tarasevichiae | 4 | |
R. philipii | 1 | |
R. africae | 6 | |
R. japonica | 2 | |
R. heilongjiangensis | 7 | |
R. aeschlimannii | 10 | |
R. sibirica | 4 | |
Candidatus R. andeanae | 2 | |
R. mongolotimonae | 1 | |
Candidatus R. kulagini | 1 | |
R. marmionii | 1 | |
R. montana | 1 | |
Candidatus R. antechini | 1 | |
Candidatus R. gravesii | 1 | |
R. raoultii | 29 | |
R. australis | 1 | |
Candidatus R. rioja | 1 | |
Candidatus R.tasmanensis | 2 | |
R. asiatica | 5 | |
Candidatus R. rara | 1 | |
Candidatus R. uilenbergi | 1 | |
Candidatus R. davousti | 1 | |
Candidatus R. hoogstraalii | 1 | |
R. helvetica | 1 | |
Leptospirosis | L. interrogans | 178 |
L. borgpeterseni | 64 | |
L. santarosai | 21 | |
L. noguchii | 18 | |
L. weilii | 14 | |
L. alexanderi | 5 | |
L. kirschneri | 29 | |
L. inadai | 5 | |
L. meyeri | 8 | |
L. fainei | 6 | |
L. broomii | 4 | |
L. biflexa | 16 | |
L. wolffii | 2 | |
L. idonii | 1 | |
L. licerasiae | 10 | |
L. kmetyi | 1 | |
L. wolbachi | 3 | |
Leptospira sp. | 94 | |
Dengue fever | DENV 1 | 553 |
DENV 2 | 821 | |
DENV 3 | 356 | |
DENV 4 | 148 | |
West Nile fever | WNV | 1000 |