Assessment of genetic diversity, population structure and relationships in Indian and non-Indian genotypes of finger millet (Eleusine coracana (L.) Gaertn) using genomic SSR markers

Ramakrishnan, M.; Antony Ceasar, S.; Duraipandiyan, V.; Al-Dhabi, N. A.; Ignacimuthu, S.

doi:10.1186/s40064-015-1626-y

SpringerPlus

Table 2 List of 87 genomic SSR primers with polymorphism details, used for the analysis of genetic diversity and population structure of 128 finger millet genotypes collected from various geographical regions of the world

From: Assessment of genetic diversity, population structure and relationships in Indian and non-Indian genotypes of finger millet (Eleusine coracana (L.) Gaertn) using genomic SSR markers

Marker	MAF	AN	GD	He	PIC	IC	Marker	MAF	AN	GD	He	PIC	IC
SSR01	0.80	5.0	0.35	0.23	0.64	0.33	UGEP68	0.90	2.0	0.18	0.15	0.48	0.19
SSR02	0.82	7.0	0.33	0.20	0.62	0.41	UGEP69	0.98	2.0	0.05	0.03	0.35	0.33
SSR06	0.84	3.0	0.29	0.23	0.59	0.23	UGEP70	0.99	3.0	0.02	0.01	0.32	0.67
SSR08	0.85	6.0	0.27	0.19	0.56	0.31	UGEP73	0.97	3.0	0.05	0.04	0.35	0.28
SSR10	0.81	4.0	0.33	0.26	0.62	0.23	UGEP74	0.99	2.0	0.02	0.01	0.32	0.67
UGEP1	0.84	3.0	0.30	0.22	0.59	0.26	UGEP75	0.95	4.0	0.11	0.05	0.40	0.56
UGEP3	0.82	3.0	0.32	0.25	0.61	0.22	UGEP76	0.87	2.0	0.24	0.16	0.54	0.33
UGEP5	0.83	2.0	0.31	0.23	0.60	0.24	UGEP77	0.88	2.0	0.22	0.13	0.52	0.41
UGEP6	0.84	3.0	0.28	0.23	0.57	0.20	UGEP78	0.86	3.0	0.26	0.19	0.55	0.27
UGEP7	0.88	3.0	0.22	0.19	0.51	0.14	UGEP79	0.98	3.0	0.03	0.02	0.33	0.50
UGEP8	0.86	3.0	0.25	0.16	0.54	0.34	UGEP80	0.98	4.0	0.04	0.02	0.34	0.40
UGEP9	0.93	4.0	0.14	0.12	0.44	0.17	UGEP81	0.91	2.0	0.18	0.17	0.47	0.02
UGEP10	0.84	2.0	0.28	0.20	0.57	0.28	UGEP83	0.96	3.0	0.08	0.04	0.38	0.54
UGEP11	0.88	3.0	0.22	0.17	0.51	0.21	UGEP84	0.99	1.0	0.02	0.00	0.32	1.00
UGEP12	0.86	2.0	0.26	0.22	0.55	0.15	UGEP86	0.98	2.0	0.04	0.02	0.34	0.40
UGEP13	0.93	5.0	0.14	0.12	0.44	0.18	UGEP87	0.98	3.0	0.03	0.00	0.33	1.00
UGEP15	0.88	3.0	0.22	0.16	0.51	0.28	UGEP88	0.98	3.0	0.03	0.02	0.33	0.50
UGEP16	0.90	3.0	0.18	0.10	0.48	0.45	UGEP90	0.88	2.0	0.21	0.20	0.50	0.09
UGEP17	0.93	3.0	0.13	0.08	0.43	0.42	UGEP91	0.96	2.0	0.07	0.02	0.37	0.66
UGEP18	0.86	4.0	0.26	0.21	0.55	0.20	UGEP93	0.97	3.0	0.06	0.05	0.36	0.23
UGEP19	0.90	3.0	0.19	0.14	0.48	0.26	UGEP95	0.95	3.0	0.11	0.09	0.40	0.11
UGEP20	0.99	3.0	0.02	0.01	0.32	0.67	UGEP96	0.95	3.0	0.09	0.05	0.39	0.49
UGEP21	0.89	2.0	0.20	0.15	0.49	0.25	UGEP97	0.96	2.0	0.08	0.05	0.38	0.34
UGEP22	0.97	3.0	0.05	0.04	0.35	0.27	UGEP98	0.98	3.0	0.04	0.02	0.34	0.40
UGEP24	0.86	2.0	0.26	0.24	0.55	0.08	UGEP100	0.96	3.0	0.07	0.04	0.37	0.44
UGEP25	0.98	3.0	0.04	0.02	0.34	0.39	UGEP101	0.97	4.0	0.06	0.05	0.36	0.24
UGEP26	0.89	3.0	0.20	0.17	0.50	0.16	UGEP102	0.89	1.0	0.21	0.16	0.50	0.22
UGEP27	0.99	3.0	0.02	0.01	0.32	0.67	UGEP58	0.99	3.0	0.02	0.01	0.32	0.67
UGEP28	0.96	4.0	0.08	0.07	0.38	0.16	UGEP59	0.98	4.0	0.05	0.03	0.35	0.33
UGEP29	0.98	4.0	0.05	0.03	0.35	0.33	UGEP60	0.85	2.0	0.27	0.24	0.56	0.10
UGEP31	0.88	2.0	0.23	0.17	0.52	0.25	UGEP62	0.98	3.0	0.03	0.02	0.33	0.50
UGEP33	0.97	3.0	0.06	0.05	0.36	0.24	UGEP64	0.98	4.0	0.03	0.02	0.33	0.50
UGEP34	0.97	3.0	0.05	0.02	0.35	0.57	UGEP65	0.86	2.0	0.25	0.20	0.54	0.22
UGEP45	0.98	3.0	0.05	0.02	0.35	0.66	UGEP66	0.99	2.0	0.02	0.01	0.32	0.67
UGEP46	0.97	2.0	0.05	0.04	0.35	0.28	UGEP67	0.98	2.0	0.05	0.00	0.35	1.00
UGEP47	0.94	3.0	0.11	0.09	0.41	0.24	UGEP104	0.90	3.0	0.19	0.17	0.48	0.09
UGEP50	0.96	3.0	0.08	0.05	0.38	0.34	UGEP105	0.97	3.0	0.05	0.04	0.35	0.27
UGEP51	0.97	3.0	0.05	0.02	0.35	0.56	UGEP106	0.89	2.0	0.20	0.20	0.50	0.00
UGEP52	0.86	2.0	0.25	0.23	0.54	0.09	UGEP107	0.90	2.0	0.19	0.14	0.49	0.27
UGEP53	0.88	3.0	0.22	0.20	0.51	0.07	UGEP108	0.87	3.0	0.24	0.17	0.53	0.28
UGEP54	0.94	4.0	0.11	0.07	0.41	0.38	UGEP109	0.92	1.0	0.15	0.09	0.45	0.44
UGEP56	0.86	2.0	0.25	0.23	0.54	0.09	UGEP110	0.87	2.0	0.24	0.23	0.53	0.05
UGEP57	0.96	4.0	0.07	0.05	0.37	0.21	UGEP111	0.93	2.0	0.13	0.11	0.43	0.19
UGEP103	0.95	4.0	0.09	0.03	0.39	0.66	Mean	0.92	2.9	0.14	0.11	0.44	0.34

MAF major allele frequency, AN allele no, GD gene diversity, He heterozygosity, PIC polymorphic information content, IC inbreeding coefficient

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