Table 1 Data for the docking interactions of LM-1554 and respective ligands at the active sites of various molecular targets
Sr. No. | Target protein (PDB-ID) | Ligand | Docking score | Energy (kcal/mol) | Interactions with aminoacid residuesa | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Docking | Evdw | Ecoul | van der Waals (kcal/mol) | Electrostatic (kcal/mol) | H-bonding (kcal/mol) [Å] | ||||
1a. | NPC1L1 (3QNT) | LM-1554 | -7.85 | -33.52 | -27.46 | -6.06 | ILE-218b (-1.12) | ASN-127b (-1.16) | HIS-124 (-0.87) [6.058] |
LEU-216b (-1.60) | HIS-124 (-1.50) | GLN-95 (-0.01) [9.140] | |||||||
PRO-215b (-2.50) | SER-102 (-3.08) | ||||||||
THR-128 (-1.77) | LEU-99 (-0.26) | ||||||||
ASN-127b (-1.55) | SER-98 (-0.09) | ||||||||
HIS-124 (-3.24) | |||||||||
LEU-103 (-1.55) | |||||||||
1b. | NPC1L1 (3QNT) | Ezetimibec | -6.31 | -32.35 | -24.57 | -7.77 | ILE-218b (-0.03) | ASN-127b (-0.03) | No H-bonding observed. |
LEU-216b (-0.09) | HIS-124 (0.04) | ||||||||
PRO-215 (-0.85) | SER-102 (1.30) | ||||||||
THR-128b (-0.01) | LEU-99 (0.03) | ||||||||
ASN-127b (-0.01) | SER-98 (-0.06) | ||||||||
HIS-124 (-0.05) | |||||||||
LEU-103 (-0.44) | |||||||||
2a. | ACL (3MWD) | LM-1554 | -6.39 | -32.82 | -28.86 | -3.96 | GLY-688 (-1.27) | GLY-665 (-2.02) | GLY-664 (-0.73) [5.63] |
GLY-665 (-3.41) | ALA-624 (-1.23) | VAL-626 (-0.62) [7.96] | |||||||
SER-663 (-3.75) | GLY-283 (-1.70) | ALA-624 (-0.14) [5.65] | |||||||
ARG-662b (-1.48) | ASN-346 (-1.00) [8.39] | ||||||||
PHE-347 (-3.52) | GLY-309 (-0.47) [6.77] | ||||||||
ASN-346 (-2.46) | GLY-282 (-1.00) [3.36] | ||||||||
ALA-345 (-1.84) | |||||||||
GLY-282 (-1.04) | |||||||||
2b. | ACL (3MWD) | Citric acidd | -6.52 | -30.43 | -25.77 | -4.65 | GLY-688b (-0.01) | GLY-665 (-2.02) | ASN-346 (-1.00) [2.858] |
GLY-665 (-1.44) | ALA-624 (0.69) | GLY-309 (-0.31) [3.014] | |||||||
SER-663 (-0.36) | GLY-282 (-2.26) | GLY-282 (-0.50) [4.007] | |||||||
ARG-662b (-0.03) | |||||||||
PHE-347 (-3.29) | |||||||||
ASN-346 (-1.30) | |||||||||
ALA-345 (-2.92) | |||||||||
GLY-282 (-0.46) | |||||||||
3a. | CRP (1B09) | LM-1554 | -6.43 | -17.49 | -5.04 | -12.45 | GLN-150 (-1.16) | GLN-150 (-2.33) | GLN-150 (-1.00) [9.590] |
SER-149 (-0.03) | GLU-147 (-1.23) | GLU-147 (-0.50) [8.109] | |||||||
GLU-138 (-2.28) | |||||||||
GLU-81 (-3.41) | |||||||||
ASN-61 (-2.12) | |||||||||
3b. | CRP (1B09) | Phosphocholined | -6.83 | -26.30 | -8.612 | -17.68 | GLN-150 (-0.88) | GLN150 (-5.95) | GLN-150 (-0.50) [2.997] |
SER-149 (-0.03) | GLU147 (-0.93) | ||||||||
GLU-138 (-2.44) | |||||||||
GLU-81 (-2.20) | |||||||||
ASN-61 (-2.29) | |||||||||
4a. | LDM (3LD6) | LM-1554 | -6.73 | -32.40 | -26.30 | -6.37 | MET-487 (-4.86) | MET-487 (-0.98) | HIS-489 (-1.00) [9.047] |
MET-378 (-1.76) | MET-378 (-1.22) | ILE-379 (-0.19) [3.376] | |||||||
ILE-377 (-2.40) | PRO-376 (-0.15) | MET-378 (-1.00) [3.080] | |||||||
PRO-376 (-1.23) | PRO-376 (-1.00) [2.830] | ||||||||
HIS-314 (-1.81) | |||||||||
TRP-239 (-1.13) | |||||||||
PHE-234 (-1.41) | |||||||||
LEU-134 (-1.61) | |||||||||
TYR-131 (-1.69) | |||||||||
4b | LDM (3LD6) | Ketoconazoled | -8.87 | - 55.26 | -52.75 | -2.51 | MET-487 (-3.71) | MET-487 (0.59) | ILE 379 (-0.60) [4.636] |
MET-378 (-2.39) | MET-378 (-2.23) | MET 378 (-1.00) [5.623] | |||||||
ILE-377 (-2.39) | PRO-376 (-0.39) | ||||||||
PRO-376 (-1.16) | |||||||||
HIS-314 (-0.39) | |||||||||
TRP-239 (-3.62) | |||||||||
PHE-234 (-1.69) | |||||||||
LEU-134 (-0.97) | |||||||||
TYR-131 (-3.50) | |||||||||
5a. | SqS (1EZF) | LM-1554 | -7.18 | -31.29 | -28.30 | -2.99 | PRO-292 (-1.95) | ALA-176 (-0.58) | ALA-176 (-0.97) [10.940] |
PHE-288 (-3.05) | ASP-80 (-1.22) | ASP-80 (-0.50) [8.630] | |||||||
LEU-211 (-2.67) | |||||||||
GLY-208b (-1.49) | |||||||||
MET-207 (-1.92) | |||||||||
LEU-183b (-2.91) | |||||||||
GLY-180 (-1.29) | |||||||||
VAL-179 (-2.29) | |||||||||
ALA-176 (-0.58) | |||||||||
PHE-54 (-1.69) | |||||||||
5b. | SqS (1EZF) | N-{2-[trans-7-chloro -1-(2,2-dimethylpropyl) - 5-naphthalen-1-yl-2-oxo-1,2,3,5-tetrahydrobenzo[e] [1,4]oxazepin-3-yl]-acetyl}aspartic acidd | -11.17 | -67.24 | -49.80 | -17.44 | PRO-292 (-2.23) | ALA-176 b (-0.11) | No H-bonding observed |
PHE-288 (-3.81) | ASP-80 (-1.91) | ||||||||
LEU-211 (-3.56) | |||||||||
GLY-208b (-1.39) | |||||||||
MET-207 (-2.82) | |||||||||
LEU-183b (-3.37) | |||||||||
GLY-180 (-1.27) | |||||||||
VAL-179 (-4.20) | |||||||||
ALA-176b (-1.08) | |||||||||
PHE-54b (-4.53) | |||||||||
6a. | FXR (1OSH) | LM-1554 | -6.55 | -29.62 | -26.94 | -2.68 | TRP-473 (-1.72) | TYR-365 (-1.95) | TYR-365 (-1.00) [1.897] |
MET-454 (-1.37) | LEU-291 (-0.84) [5.830] | ||||||||
HIS-451 (-1.44) | |||||||||
MET-369 (-1.77) | |||||||||
ILE-361 (-1.99) | |||||||||
ILE-356 (-1.18) | |||||||||
MET-332 (-1.52) | |||||||||
ALA-295 (-1.52) | |||||||||
MET-294 (-2.25) | |||||||||
THR-292 (-1.13) | |||||||||
LEU-291 (-5.20) | |||||||||
6b. | FXR (1OSH) | Fexaramined | -10.69 | -43.71 | -38.57 | -5.14 | TRP-473 (-0.94) | TYR-365b (-0.17) | No H-bonding observed |
MET-454 (-1.92) | |||||||||
HIS-451 (-1.10) | |||||||||
MET-369 (-2.30) | |||||||||
ILE-361 (-2.58) | |||||||||
ILE-356 (-3.30) | |||||||||
MET-332 (-1.35) | |||||||||
ALA-295 (-0.74) | |||||||||
MET-294 (-4.17) | |||||||||
THR-292 (-0.82) | |||||||||
LEU-291 (-4.32) | |||||||||