Phylogenetic analysis of newly isolated grass carp reovirus

Yan, Xiu-ying; Wang, Ya; Xiong, Ling-fang; Jian, Ji-chang; Wu, Zao-he

doi:10.1186/2193-1801-3-190

SpringerPlus

Table 2 Identity (above the diagonal) and divergence (under the diagonal) between GCRV isolates based on the vp4 , vp6 , vp7 gene [×1000]

From: Phylogenetic analysis of newly isolated grass carp reovirus

	Based on the *vp4* gene											Based on the *vp7* gene
GCRV	155	ARV	096	097	873	108	988	794	H08	106	918	GCRV	155	AVR	096	873	875	876	991	108	H08	J01	J02
155		1000	599	317	603	299	293	292	286	293	296	155		1000	203	303	279	287	289	219	214	302	213
ARV	0		599	317	603	299	293	292	286	293	296	ARV	0		203	303	279	287	289	219	214	302	213
096	453	453		295	993	303	299	298	304	298	304	096	1178	1178		212	196	197	197	199	208	213	207
097	946	946	827		311	981	990	987	994	990	987	873	767	767	920		902	999	1000	199	197	994	205
873	445	445	5	827		298	297	296	299	296	302	875	856	856	910	100		901	902	222	208	899	206
108	967	967	886	20	872		970	970	963	971	968	876	776	776	855	1	102		999	204	200	993	197
988	971	971	891	10	882	31		997	986	998	986	991	782	782	848	0	100	1		204	200	995	195
794	977	977	896	13	888	31	3		985	998	985	108	1218	1218	920	885	891	865	870		986	203	987
H08	941	941	875	6	863	35	14	14		986	984	H08	1194	1194	904	863	880	843	848	14		202	998
106	973	973	893	10	884	30	2	2	13		987	J01	772	772	897	6	103	7	5	890	864		193
918	962	962	897	13	888	33	15	15	17	13		J02	1300	1300	913	858	876	839	844	14	2	859
Based on the *vp6* gene
GCRV	155	ARV	096	104	873	875	876	991	108	988	H12	H11	794	H08	J12	N11	Q11	Q12	Y11	Z11	106	918
155		1000	548	230	548	547	547	548	196	233	241	235	233	204	235	235	235	235	235	233	233	232
ARV	0		548	230	548	547	547	548	196	233	241	235	233	204	235	235	235	235	235	233	233	232
096	500	500		220	994	998	998	997	201	242	235	235	241	202	233	233	239	233	233	243	241	241
104	936	936	769		238	246	246	246	190	232	229	232	232	198	238	238	228	238	232	232	232	223
873	503	503	6	751		999	999	998	204	243	235	235	242	205	232	232	239	232	232	243	242	242
875	516	516	3	751	1		1000	999	211	238	231	231	238	203	233	233	236	233	233	238	238	237
876	516	516	3	751	1	0		999	211	238	231	231	238	203	233	233	236	233	233	238	238	237
991	514	514	4	755	2	1	1		211	238	231	236	238	200	233	233	236	233	233	238	238	237
108	1427	1427	1340	1527	1261	1236	1236	1236		207	197	203	207	965	204	204	203	204	197	200	200	199
988	834	834	682	939	693	665	665	665	1157		975	972	998	208	971	971	990	971	973	998	998	995
H12	844	844	680	959	692	659	659	659	1214	26		991	975	210	990	990	979	990	992	975	976	973
H11	850	850	683	962	694	662	662	662	1211	29	9		973	205	998	998	981	998	999	973	974	971
794	838	838	685	931	697	670	670	670	1149	2	25	28		206	972	972	990	972	974	998	999	996
H08	1400	1400	1288	1510	1210	1196	1196	1196	32	1113	1165	1162	1106		204	204	200	204	205	206	206	204
J12	850	850	683	958	694	662	662	662	1228	29	10	2	29	1178		1000	980	1000	998	972	973	970
N11	850	850	683	958	694	662	662	662	1228	29	10	2	29	1178	0		980	1000	998	972	973	970
Q11	834	834	689	923	701	670	670	670	1142	10	22	19	10	1099	20	20		980	982	992	991	988
Q12	850	850	683	958	694	662	662	662	1228	29	10	2	29	1178	0	20	20		988	972	973	970
Y11	854	854	686	958	698	667	667	667	1219	28	8	1	27	1170	2	2	19	2		974	975	971
Z11	834	834	682	939	693	665	665	665	1142	2	25	28	2	1099	29	29	8	29	27		999	996
106	838	838	685	935	697	670	670	670	1149	2	24	27	1	1106	28	28	9	28	26	1		997
918	851	851	692	946	704	677	677	677	1154	5	28	30	4	1124	31	31	12	31	29	4	3

Back to article page